国会で審議中の国立大学法人法改正案で大規模な国立大学法人に予算や中期計画を決める「運営方針会議」の設置が義務づけられることについて、国立大学協会は永田恭介会長（筑波大学学長）名で懸念や危惧を訴える声明を発表した。国大協が審議中の法案に懸念の声明を出すのは極めて異例。
国大協によると、国立大学法人法の改正案は、大規模な国立大学を「特定国立大学法人」に指定し、学長と3人以上の委員で構成する運営方針会議の設置を義務づける内容。運営方針会議には予算や決算、中期計画を決める権限を与える。
運営方針会議は国際卓越研究大学に選定された大学に設置が検討されてきたが、今回の改正法案では特定国立大学法人への設置義務づけに加え、それ以外の大学で設置が必要になれば、「準特定国立大学法人」として設置できるとしている。
その結果、特定国立大学法人、準特定国立大学法人とそれ以外の国立大学法人の間で差異がある取り扱いがなされる懸念があるとして、国大協は会議設置の有無で予算配分に差を設けない、設置は大学の自主性や自律性を尊重することなどを求めている。
このほか、改正案に対しては、運営方針会議の委員任命に文部科学相の承認が必要となることについて、野党や大学関係者から政府に批判的な立場の人が任命を拒否されることにつながりかねず、大学の自治を損なうとの指摘が出ている。
