2020年4月1日、京都先端科学大学を運営する学校法人永守学園は、京都学園中学、高校を運営する京都光楠学園と合併に向けた基本合意書を締結した。2021年4月に永守学園を存続法人として合併し、京都先端科学大学を中高大一貫校にする。
永守学園によると、合併は中学、高校と大学の教育を分けたままでは、グローバル社会で通用する人材を育てるのに限界があるとして、中高大一貫教育を実現するのが狙い。ただ、一般的なエスカレーター教育と一線を画し、自分が何になりたいのかを考えながらコースを選べるようにする。
永守学園、京都光楠学園とも3月の理事会で合併に向けた協議を始めることを決議した。今後、中高大の教職員で組織するワーキンググループを設け、2022年度からの内部進学制度導入、中高大一貫教育プログラムの開発、若年時からロボットやIT技術に触れるSTEAM教育の推進などについて本格的な協議を始める。
永守学園、京都光楠学園はともに京都市右京区にあり、永守学園は京都先端科学大学と幼稚園、保育園、京都光楠学園は京都学園中学、高校を運営している。京都先端科学大学の前身となる京都学園大学と京都学園中学、高校は学校法人京都学園が運営していたが、2014年に京都学園から京都光楠学園が独立、京都学園も2019年、永守学園と名称を変更している。