新潟大学らの研究グループは、世界初の試みとして、プロテオームの再解析を念頭に置いたメタデータを収集するデータジャーナルを創刊した。

 タンパク質の集合体を指していうプロテオームの再解析を正確に実施するためには、そのデータの属性(どの生物種か、試料はどのように採取し処理したか、測定ではどのようなパラメータを用いたか、など)を説明する多くのメタデータが重要となる。しかし、プロテオームのデータをデータベースに収録するに当たっての詳細なメタデータの収集は困難で、海外でも大きな問題として手付かずに近いという。

 そこで、新潟大学、京都大学、熊本大学、北里大学、および情報・システム研究機構が共同して開発と運営を進めるjPOST(Japan Proteome Standard Repository/Database)は、データの寄託者自身が詳細なメタデータを投稿するための仕組みを検討した。そして、日本プロテオーム学会との協力の下、「メタデータの専門論文」を扱うデータジャーナル「Journal of Proteome Data and Methods(JPDM)」を創刊した。

 これにより、研究者はデータを寄託すると共に、JPDMにデータ論文を投稿することで、業績が論文として増加するため、研究者側にも詳細なメタデータを投稿するインセンティブが生じる。また、メタデータ記入フォーマットであるJPDMフォーマットで記述されたメタデータは、(半)自動で再解析できるといい、個々の研究者とjPOSTの双方にメリットがある世界初のシステムとなりつつあるという。

 今後は、大量のデータ処理に対応できるシステムを整え、jPOST以外のリポジトリに収録されたデータのメタデータもJPDMに論文掲載できるよう、国際化を推進していく。ひいては、世界最大のプロテオーム・データベースの構築を目指す。

論文情報:【Nucleic Acids Research】jPOST environment accelerates the reuse and reanalysis of public proteome mass spectrometry data

京都大学

「自重自敬」の精神に基づき自由な学風を育み、創造的な学問の世界を切り開く。

自学自習をモットーに、常識にとらわれない自由の学風を守り続け、創造力と実践力を兼ね備えた人材を育てます。 学生自身が価値のある試行錯誤を経て、確かな未来を選択できるよう、多様性と階層性のある、様々な選択肢を許容するような、包容力の持った学習の場を提供します。[…]

熊本大学

真実や新しさを探求。熊本大学は「真のグローバル大学」をめざす

130年を超える長い歴史と伝統を持った熊本大学は、教育戦略に「旧制五高以来の剛毅木訥の気風を受け継ぎ、“Global Thinking and Local Action”できる人材育成」を掲げています。輝く未来のために新しい創造的な「知」が生まれ育ち、いかなる[…]

新潟大学

地域と世界の発展に資する「知の拠点」で、想像力と創造力を磨き、真の強さを学ぶ

新潟大学は、10学部を擁する国内有数の大規模総合大学。全学の理念「自立と創生」に基づいた、特色ある2つの主専攻プログラムを展開しています。多様な学びや研究機会によって、想像力と創造力を仲間と磨き合うことができ、自信に満ちた思いやりのある人間へと成長。タフであり[…]

北里大学

生命科学の総合大学として4つのフィールドから総合的にアプローチ

北里大学は、病院や研究所、大学院、専門学校など多様な組織を持ち、有機的な「知」のネットワークで、生命科学のフロンティアを一歩ずつ切り拓いています。生命現象を解明するために4つの分野、「生命科学の基礎的研究を行う分野」「動植物と環境に関する分野」「人間の生命と健[…]

大学ジャーナルオンライン編集部

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