文部科学省の国立大学法人評価委員会は、86の国立大学と４つの大学共同利用機関法人が定める2016～2021年度の第3期中期計画のうち、2017年度分の進捗状況を評価し、滋賀大学と宮崎大学、琉球大学を「特筆すべき進捗状況」とした一方、大阪大学と熊本大学に計画に遅れが見られると判定した。
文科省によると、評価は高い方から「特筆すべき進捗状況」、「一定の注目項目がある」、「順調に進んでいる」、「おおむね順調に進んでいる」、「遅れている」、「重大な改善事項がある」の6段階に分けている。
大阪大学と熊本大学の評価は下から2番目の「遅れている」。大阪大学は入試で出題と採点にミスがあり、大学側の対応が遅れたことが悪い評価につながった。熊本大学は年俸制の対象となる教員の数が目標数に届かなかった。最も悪い評価の「重大な改善事項がある」に該当するところはなかった。
最も高評価の「特筆すべき進捗状況」に選ばれたのは、業務運営の改善および効率化で滋賀大学、宮崎大学、財務内容の改善で琉球大学。滋賀大学は国内初のデータサイエンス学部を創設し、37の企業などと連携協定を結んだ点が評価された。
宮崎大学は地元企業からの寄付を受け、地域デザイン講座を開設するとともに、地域交流の場となり、企業と住民、学生がいっしょに学べる施設を整備したことが認められた。琉球大学は母子家庭を支援することを目的とした基金の設立など特色ある基金の育成が高い評価を受けている。
