麻布大学、森林総合研究所、アニコム先進医療研究所株式会社の共同研究グループは、長鎖リード技術（長鎖のまま読み取る解析技術）を用いたゲノム情報の再構築により、北海道に分布するエゾシカの国際基準ゲノム配列「CerNipYes1.0」を新たに整備し公開した。
ニホンジカは東アジアに自然分布し14亜種を含む。北海道に分布する亜種であるエゾシカは生態・管理の観点から研究が進んでいる。集団動態・系統・形質の分子基盤解明に全ゲノム解析が有用だが、既報のニホンジカゲノムは亜種が不明な飼育個体のもので、日本産の野生ニホンジカの全ゲノム参照配列は未整備だった。
そこで研究グループは、北海道の狩猟管理区域で捕獲された雄のエゾシカから筋肉試料を得て、ゲノムDNAを抽出。その後、ゲノム配列解読装置によってHiFi長鎖リードを取得し、高品質な塩基配列をベースにゲノム情報の再構築（ゲノムアセンブリ）を実施した。
その結果、本ゲノムアセンブリは推定ゲノムサイズ3.1Gb、つなぎ合わせたゲノム配列の数（スキャフォールド数（数が少ないほど長く連続したゲノム））は1,810、再構成したゲノム配列のつながりを示す指標であるN50（値が大きいほど断片化が少ない）が77Mbを達成した。また、遺伝子完全性（値が高いほど高品質なゲノム）は12,562遺伝子（99.75%）で、既報のニホンジカのゲノム配列よりも多くの遺伝子の再構成に成功した。ゲノム中の反復配列は21.6%と推定され、いずれも既存の配列データと同等かそれ以上の値だった。
今回の研究で公開したゲノム情報は、シカ科でみられるゲノムサイズや形質の多様性解明、系統・進化研究だけでなく、生態・管理の研究基盤として活用が期待されるとしている。
