東邦大学、東京大学、農業・食品産業技術総合研究機構、国際医療福祉大学、聖マリアンナ医科大学、九州大学、国立科学博物館、日本大学、土井ヶ浜遺跡・人類学ミュージアム、新潟医療福祉大学、鎌倉女子大学、沖縄県立埋蔵文化財センター、新潟大学、東京科学大学の研究グループは、古人骨の歯石に残されたDNAを解析し、古代の口腔内マイクロバイオーム（口の中に存在する多様な微生物群）の特徴を明らかにした。
古人骨の歯に付着した歯石には、当時の口腔内微生物をはじめとするさまざまなDNAが残されていることがある。これを調べることで、過去の口腔内マイクロバイオームを復元し、人々の生活環境や健康状態を知る手がかりとなる可能性がある。そこで研究グループは、古人骨由来の歯石と現代の歯石を解析し、口腔内微生物の構成を比較した。
その結果、古代と現代では口腔内微生物の構成が異なることが判明した。特に、歯周病との関連が知られる古細菌Methanobrevibacter oralis（以下、M. oralis）が古代歯石で多く検出された。また、本州・九州地域と沖縄地域の違いや、縄文時代と江戸時代の違いも確認され、地域差や時代ごとの生活環境、食習慣の変化などが口腔内微生物の多様性に影響していた可能性が示唆された。
さらに、古代歯石に由来するM. oralisの系統を解析したところ、鉄利用に関わる代謝関連遺伝子の変異により、大きくクレードAとクレードBの2系統に分類された。この2系統と江戸時代に広く行われていた「お歯黒」との関連を調べた結果、お歯黒の痕跡が報告されていた女性個体に由来するM. oralisは、いずれもクレードBに含まれることがわかった。お歯黒には鉄を含む成分や植物由来成分が使われていたことから、この文化習慣が口腔内環境を変化させ、微生物系統の分布にも影響を与えた可能性があるとしている。
本研究成果は、歯石に残された微生物DNAが、過去の人々の食生活や地域性、文化習慣などを読み解く有用な情報源となり得ることを示した。今後、より多くの時代・地域の試料解析や、考古学的情報との統合により、古代の人々の生活史や微生物との関わりをより詳細に復元できることが期待される。
